A coleção de livros Coleção CLE tem seu principal público no meio acadêmico brasileiro e latino-americano interessado nas áreas de Lógica, Epistemologia, Metodologia e História da Ciência. Trata-se de uma coleção de livros que traz a publicação de pesquisas originais, monografias e teses nessas áreas do conhecimento. Atualmente, a Coleção CLE possui um catálogo com mais de 80 volumes publicados, sendo o primeiro deles lançado em 1987. A Profa. Itala M. Lofreddo D’Ottaviano e o Prof. Fabio Maia Bertato, ambos professores do centro, são respectivamente Editora e Editor associado da Coleção CLE. Importantes professores e pesquisadores compõem o seu Conselho Editorial, sendo especialistas de universidades brasileiras e estrangeiras, que contribuem para a sua reconhecida qualidade. Os diversos títulos da Coleção CLE percorrem interessantes ensaios, pesquisas, coletâneas de artigos e outros textos científicos.

Entre os diversos títulos publicados, destacamos alguns volumes:

O Volume 13, de 1994, “Freud: racionalidade, sentido e referência”, por Osmyr Faria Gabbi Jr, traz interessantes reflexões sobre a irracionalidade e a linguagem humana em recortes da teoria freudiana.

“A Semântica Transcendental de Kant”, volume 41, publicado em 2005, é a tradução para a língua portuguesa da tese de doutorado de Jeljko Loparic, defendida na Universidade Católica de Louvain, em 1982, sob o título Scientific Problem Solving in Kant and Mach.

O Volume 31, “Gramsci: filosofia, política e Bom-Senso”, publicado em 2001, é a tese de livre docência de Michel Debrun.

Enquanto o Volume 35, publicado em 2002, de João Carlos Salles, apresenta A gramática das cores na Obra de Ludwig Wittgenstein (1889-1951).

Os Volumes 45 e 46, de 2007, de Rubens G. Lintz, compõem a “História da Matemática”, estudada nas culturas grega e árabe e na cultura Ocidental, em textos com rigor científico ao mesmo tempo que coloca observações e comentários divertidos.

O Volume 47, publicado em 2007, e o Volume 59, publicado em 2011, de João Quartim de Moraes, trazem artigos apresentados e debatidos no seminário “Materialismo e Evolucionismo: epistemologia e história dos conceitos” organizados pelo CLE/Unicamp em 2006 e em 2009.

O Volume 56, A “De Divina Proportione” é uma tradução anotada e comentada realizada por Fábio Maia Bertato do manuscrito de Luca Pacioli (1445 - 1517), famoso matemático renascentista, “De Divina Proportione” (1509), disponível na Biblioteca Ambrosiana de Milão.

O Volume 69, publicado em 2015, de Zaqueu Vieira Oliveira, “Uranografia ou A descrição do Céu – de Adriaan van Roomen", traz uma obra de astronomia, porém pensada por filósofos contemporâneos também como uma obra de matemática.

Em “Origens da Química no Brasil” (vol.70), Carlos Alberto Filgueiras textualiza as origens das ciências e das técnicas nos estudos de epistemologia.

O Volume 71, “Hesiodo’s Cosmos: A Linguistic-Mathematic View”, de António José Gonçalves de Freitas, traz uma reflexão filosófica sobre a teoria do Caos e usa uma abordagem teórica definida, análise lógica e linguística de textos de forma comparativa, terminando com uma breve comparação entre Hesíodo e alguns dos pré-socráticos.

Em "Para além das Colunas de Hercules uma história da paraconsistência: de Heráclito a Newton da Costa", de Evandro Luís Gomes e Itala M. Loffredo D'Ottaviano, uma co-edição com a Editora Unicamp, volume 80 da Coleção CLE, publicado em 2017, os autores historiam o advento e o paulatino estabelecimento da perspectiva paraconsistente no pensamento ocidental.

Em "Cognição, Emoções e Ação", organizado por Marcos Antonio Alves, uma co-edição com a Cultura Acadêmica Editora, o Volume 84 da Coleção CLE reúne contribuições de diversas áreas e perspectivas referentes ao estudo da cognição, emoção e ação e das conexões entre elas.

O Volume 85, "O Paradigma da Complexidade e a Ética Informacional", de João Anotnio de Moraes, traz reflexões sobre impactos profundos das tecnologias digitais na sociedade e o papel da Filosofia na constante atualização dos assuntos-chave que compõem sua agenda de problemas.

Em "Wittgenstein: in/on translation", volume 86, Paulo Oliveira, Alois Pichler e Arley Moreno organizaram constribuições resultado de intercâmbios de longa data entre pesquisadores brasileiros e seus bolsistas europeus (e latino-americanos), espalhados por diversos países, mas reunidos em torno do interesse comum pela filosofia de Wittgenstein.

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